Нам осталось вызвать только функцию записи.

Записать
Записать (обновить) элемент справочника.

Синтаксис:
Записать()
Англоязычный синоним:
Write

Описание:
Метод Записать выполняет запись (обновление) элемента справочника.
Замечание. Если этот метод применяется в Модуле формы элемента справочника непосредственно к элементу справочника локального контекста, то данный метод отрабатывает те же действия, как интерактивное нажатие пользователем кнопки с формулой "#Записать".

Добавляем.

Процедура Сформировать() 
      Спр = СоздатьОбъект("Справочник.Контрагенты");
      Спр.Новый();
      Спр.Наименование = "Первый шаги";
      Спр.Записать();
КонецПроцедуры

И смотрим, все работает.